L'interno del Museo con un ampio scalone che conduce dal grandioso vestibolo, alla Sala degli Arazi e alle collezioni del piano superiore.
Al centro dello scalone domina il gigantesco busto di Giove, proveniente da un edificio romano di Cuma detto "Tempio del Gigante".
La Galleria dell'Ercole e del Toro Farnese, una delle più vaste sale dei Musei d'Europa, raccoglie in un grandioso complesso due fra le più colossali sculture dell'antichità,L'Ercole Farnese, e Il Toro Farnese, e una serie mirabile di statue di rilievi e di busti appartenenti tutti a tipi e motivi creati dall'arte ellenistica e neoattica. Le Gemme farnese, raccolta giunta a Napoli con Carlo di Borbone, esemplare unico per dimensione e ricchezza è la "Tazza Farnese", in agata sardonica, con una decorazione che rappresenta divinità e simboli alessandrini, realizzata alla corte egiziana dei Tolomei e giunta a Roma dopo la vittoria di Ottaviano su Cleopatra.
La Galleria del Cavallo di Bronzo; inizia la serie delle grandi sculture in bronzo, al centro è uno dei cavalli della grande quadriglia ercolanese.
La Sala degli Arazi; al centro del grandioso edificio è la Sala che Ferdinando IV aveva destinato alla Biblioteca Farnesiana e che, dal 1927, raccoglie i preziosi Arazzi e minori sculture: al centro è la statua di Atlante.
Vi è una raccolta dei Mosaici di Pompei, una collezione di opere provenienti dalla villa dei papiri di Ercolano ed una collezione delle pitture murali staccate dagli edifici di Pompei, Ercolano e Stabia.
Seguono le sezioni dei preziosi, delle armi, delle terracotte, vetri, argenti.
La Raccolta Epigrafica, allestita nel 1995, comprende i materali provenienti da collezioni di eruditi e materiali rinvenuti in Campania e in altre regioni meridionali, documentazioni in lingua greca, testimonianze delle lingue preromane, epigrafi di carattere politico e sacro, una collezione delle iscrizioni rinvenute nelle città vesuviane e flegree.
La collezione egizia, una sezione specifica è dedicata ai documenti egiziani ritrovati nelle città campane, testimonianza dei rapporti con l'Egitto, a partire dall'epoca tolemaica, e del diffondersi in Occidente di mode e culti egizi. Tra le opere esposte il "Naoforo Farnese", la statuina in basalto del dignitario "Her-em-akhbit" raffigurato seduto, una importatnte raccolta di statuette in pietra o legno a forma di mummie, la statuetta di "Horus falco" da Pompei.
Il gabinetto segreto, contiene opere, statuette, rilievi, mosaici, pitture di soggetto erotico rinvenute nel tempo principalmente negli scavi vesuviani.
La collezione numismatica, formata da oltre 200.000 esemplari, monete italiche e delle colonie greche di Sibari, Taranto, Reggio, Messina e della Campania ed una serie di monete coniate da Neapolis.

Chiesa del Buon Consiglio